Богоявленское благочиние образовано в 1996 г., ранее входило в состав Преображенского благочиния.

В 1996-2017 гг. благочинным был архимандрит Дионисий (Шишигин).

Указом Святейшего Патриарха Кирилла от 11 июня 2019 г. благочинным назначен настоятель храма ап. Иакова Заведеева в Казенной Слободе протоиерей Сергий Точеный.